Периодот на средниот век се карактеризира со многубројни и неворојатно брзи политички настани и процеси кои од корен ја промениле дотогашната политичка реалност не само на територијата на денешната Општина Гази Баба туку и на цела Македонија.
Тоа е време кога дотогашната Римската Империја била замената со новоиздигната Византиската Империја и време на навлегувањето и населувањето на Словените на овој простор. Навлегувањата и населувањата на словенскиото население посебно се интензивирале во 6-ти век.
Бидејќи во нивниот освојувачки и разурнувачки поход немало кој да им се спротистави, тие на територијата на денешната Општина ги разурнале сите тогашни населби а дел од населението кое не било убиено, ограбено или заробено за да се спаси се разбегало по околните планини. Малку порано односно во 518 година, територијата ја погодила катастрофален земјотрес при што целото тогашно Скупи било разурнато а настрадале и многубројните околни утврдени населби.
На тој начин на оваа територија се повеќе се задржувало новодојденото словенско население чие конечно населување на територијата на Балканот и цела Македонија завршило во втората деценија на VII век,во време на владеењето на императорот Ираклиј. Од византиските извори се дознава дека територијата на Македонија била населена од Драговитите, Сагудатите, Велегизитите, Вајунитите, Берзитите и други племиња.
По извесен период откако се стабилизирала состојбата најголемиот дел од претходно избеганото античко македонско население и помалубројното тогашно романизирано население започнало да се враќа на претходните живеалишта и се повеќе да се меша со новодојденото словенско население.
Подоцна со природна симбиоза помеѓу Словените и античките Македонци, дошло до конституирање на денешниот македонски народ кој на овие простори продолжил да живее се до денес. Но тој процес одел постапно односно античките Македонци не исчезнале и не се претопиле веднаш по доаѓањето на Словените туку постапно и во етапи.
Територијата на сегашната Општина Гази Баба, но и целата Скопска област била населена од словенското племе Берзити (Верзити), односно влегла во составот на склавинијата Берзитија каде останала се до средината на 9 век. Склавинијата Берзитија била една од најголемите на територијата на Македонија и живеела слободен живот скоро цели два века, се до потпаѓањето под бугарска власт која траела од 855 до 969 година. Потоа територијата на денешната Општина била вклучена во составот на новоформираната Самоилова држава, во чиј состав останала до 1018 година, кога повторно потпаднала под византиска власт.