Втората светска војна на просторот на Македонија започнала со нападот на Германија и нејзините сателити на тогашното Кралство Југославија на 6 април 1941 година. За време на воениот конфликт, територијата на денешната Општина Гази Баба не била директно зафатена со борбени дејствија.Целокупната индустриска инфраструктура на територијатана сегашната Општина целосно ја прекинала работата. Единствено работела воената болница, која ги згрижувала ранетите војници на кралската југословенска војска. Но по 7 април и таа била целосно напуштена. Во такви услови, за неполни дваесет години, територијата на сегашната Општина уште еднаш била заземена од странски воени единици кои тука воспоставиле нова административна и политичка власт.
Сите населени места од сегашната територија на Општината влегувале во составот на Скопската околија, која ја раководел околискиот управител со еден заменик и одреден број административни служби. Во составот на скопското Околиско управление влегувале 17 општини, од кои една градска, со седиште во Скопје, и 16 селски општински центри. Од постоечките три Општини, кои дотогаш се наоѓале на сегашната територија на Општината, Бугарите формирале само една селска Општина со седиште во с. Синѓелиќ. Во составот на Општина Синѓелиќ влегувале следниве населени места: Синѓелиќ (со 788 жители), Арачиново (со 394 жители), Булачани (со 1.085 жители), Брњарци (со 239 жители), Глушино (со 496 жители), Инџиково (со 125 жители), Мојанци (со 343 жители), Орланци (со 171 жител), Стајковци (со 144 жители), Страшница (со 388 жители) и Црешево (со 1.057 жители), или вкупно во Општината живееле 5240 жители.
Покрај овие села с. Маџари со вкупно 628 жители, тогаш било приклучено како селска населба кон Скопската градска општина, а селата Идризово (92 жители), Трубарево (203 жители) и Јурумлери (247 жители), биле приклучени во состав на новоформираната Општина Петровец. Со селските општини раководеле селските кметови во чија надлежност се наоѓале одреден број служби и кметски намесништва.
Народноослободителното движење на населените места на сегашната територија на Општина Гази баба поорганизиран започнала во текот на 1943 И 1944.Почетоците на развојот на движењето датирале уште во 1941 година. Тогаш биле формирани илегални групи за почетокот на оруженото востание во селата Булачани, Раштак и Синѓелиќ. Еден од главните иницијатори и организатори за формирање на овие први групи бил Алија Авдовиќ (1912-1941) од с. Синѓелиќ.
Во текот на 1942 година тој тренд продолжил и се проширил и во другите села. Во ноември 1942 година во околината на с. Булачани престојувал Вториот скопски партизански одред, а во декември истата година поради давање помош на Одредот од страна на бугарската полиција била затворени група млади активисти. Во почетокот на 1943 година во истото село бил формиран и првиот Народноослободителен одбор, а во мај истата година и во с. Црешево била организирана група за отпор против бугарската власт, а за главен координатор за спроведување на овие цели бил избран Мирче Димитровски.
Се поорганизираниот и поединствениот настап на групите биле причина тие да бидат едни од главните носители и на оружениот отпор во текот на 1944 година.
Борбите за конечното ослободување на Гази Баба започнале во првата половина на ноември 1944 година.
Битката за ослободување на Скопје започнала на 11 ноември 1944 година.